โครงการปัตตานีจายา ริเริ่มแนวคิดเพื่อขยายกิจการมหาวิทยาลัยฟาฏอนี โดยมีบริษัท ปัตตานี จายา โฮลดิ้ง จำกัด และ มูลนิธิมะดีนะตุสลาม เป็นผู้แทนมหาวิทยาลัยในการดำเนินโครงการนี้

มหาวิทยาลัยฟาฏอนี เดิมชื่อ วิทยาลัยอิสลามยะลา ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2541 และได้รับการสถาปนาให้เป็นมหาวิทยาลัย เมื่อปี พ.ศ. 2550 และได้รับการอนุมัติให้เปลี่ยนชื่อเป็นมหาวิทยาลัยฟาฏอนี เมื่อปี พ.ศ.2556 ปัจจุบันประกอบไปด้วย 2 สถานที่ตั้ง คือ ที่ตั้ง ณ ยะลา (ปารามีแต) และที่ตั้ง ณ ปัตตานี (บ้านโสร่ง) มีนักศึกษาประมาณ 4,000 คน ทั้งจากในประเทศและต่างประเทศ เช่น จีน กัมพูชา อีหร่าน เป็นต้น

มหาวิทยาลัยฟาฏอนี  มีความมุ่งมั่นที่จะต่อยอดทางการศึกษาในสาขาวิทยาศาสตร์ ให้หลากหลายมากยิ่งขึ้น จึงวางโครงการขยายสถานที่ตั้งใหม่ ในสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพ เพื่อผลิตบุคลากรทางการแพทย์ ที่มีความขาดแคลนในพื้นที่เป็นอย่างมาก  โดยสถานที่ตั้งใหม่นี้จะไม่เป็นเพียงแค่มหาวิทยาลัยเดี่ยวๆ แต่จะเป็นโครงการพัฒนาและการยกระดับคุณภาพชีวิต เป็นการสร้างเมืองควบคู่ไปกับสร้างสังคม สร้างวิถีการดำรงชีวิต สร้างเศรษฐกิจในนามปัตตานีจายา โดยถูกวางแนวคิดให้เป็นเมืองแห่งการเรียนรู้ (Education City) และเป็นสถานที่ตั้งใหม่ของมหาวิทยาลัยเพิ่มอีก 1 แห่งที่อยู่ไม่ไกลจากเมืองปัตตานี มีความสะดวกในการคมนาคม ทั้งมีความพร้อมในการผลิตบุคลากรในด้านที่ขาดแคลนและด้านอื่นๆ ที่จะพัฒนาประเทศในอนาคต

ด้วยเหตุผลดังกล่าวทางมหาวิทยาลัยฟาฏอนี  จึงได้จดทะเบียนบริษัท ปัตตานี จายา โฮลดิ้ง จำกัด ขึ้นเพื่อเป็นนิติบุคคล  รับผิดชอบดำเนินงานด้านธุรกิจแทนของมหาวิทยาลัยฟาฏอนี และได้จดทะเบียนมูลนิธิมะดีนะตุสสลาม เพื่อเป็นนิติบุคคลรับผิดชอบดำเนินงานด้านวากัฟแทนมหาวิทยาลัย