มหาวิทยาลัยฟาฏอนี มีแผนจะเปิดคณะพยาบาลศาสตร์ ในการเตรียมการมหาวิทยาลัย ได้รับงบประมาณสนับสนุนการก่อสร้างอาคารเรียนของคณะพยาบาลศาสตร์ จากประเทศคูเวต จำนวน 18 ล้านบาท ปัจจุบันได้มอบอาคารนี้ให้กับมหาวิทยาลัยฟาฏอนี เพื่อเป็นที่ทำการของโครงการจัดตั้งคณะพยาบาลศาสตร์ และขณะนี้โครงการได้ดำเนินกิจการของคณะ เช่น เปิดอบรมหลักสูตรระยะสั้นเกี่ยวกับสุขภาพ เป็นต้น